Axe 2. Développement de standards sémantiques : thésaurus et ontologie de la biodiversité

Animateurs :

Eric Garnier & Isabelle Mougenot

Objectifs :

Si les ontologies biologiques sont largement utilisées dans le domaine biomédical, ainsi que dans les champs de recherche portant sur les organismes modèles, les standards et ontologies existants n’ont pas été conçus pour décrire et intégrer des données couvrant l’ensemble du champ des sciences de la biodiversité. Ce constat souligne le besoin urgent d’améliorer les approches visant à décrire les différentes façons dont les spécialistes de la biodiversité collectent et assemblent les données, de même que la sémantique de ces données. Des standards et ontologies pérennes sont centraux pour répondre à ces besoins, et aideront les différents acteurs concernés à utiliser les données hétérogènes d’une manière fiable et harmonisée. L’objectif de cet axe est de contribuer à jeter les bases de ces standards.

Réalisations :

  • Le thésaurus TOP définit des normes pour une approche fonctionnelle de la diversité des plantes, en stabilisant la terminologie de concepts largement utilisés en écologie et en évolution. TOP fournit des noms, des définitions, des unités formelles et des synonymes concernant plus de 700 caractéristiques de plantes et d’associations environnementales.
  • Le thésaurus « biodiversité » regroupe 615 termes relevant du champ disciplinaire de la biodiversité qui ont été identifiés par l’INIST, dont la liste est formalisée et disponible dans Loterre et dans Agroportal.
  • Le thésaurus « racines » vise à élargir le thésaurus TOP aux traits racinaires. Une première version est prévue courant 2019.