GDR SemanDiv

groupement de recherche sur la sémantique de la biodiversité
 

 

Qui sommes-nous ?

Le GDR « SémanDiv » regroupe 38 participants (checheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs) rattachés à 17 équipes, représentant des disciplines et approches différentes relative à la sémantique de la biodiversité : (1) des spécialistes de différentes disciplines biologiques (taxonomistes, écologues, agronomes) (2) des documentalistes, et (3) des informaticiens.

Organisation scientifique

Eric Garnier

Alison Specht

Bernard Amiaud

Isabelle Mougenot

Dominique Vachez

Colette Cadiou

Marie-Claude Quidoz

Baptiste Laporte

Nos missions

  1. amorcer une structuration des différentes composantes nationales françaises concernées par le développement d’une sémantique de la composante écologique de la biodiversité : de l’organisme à l’écosystème ;
  2. contribuer à la synergie entre acteurs développant des approches différentes et jusqu’ici non concertées de la sémantique de la biodiversité : écologues, documentalistes, informaticiens ;
  3. établir une base conceptuelle et opérationnelle forte qui pourra servir de moteur au plan national pour stimuler des recherches en écoinformatique, discipline en pleine émergence au plan international et encore largement sous-représentée au plan national ;
  4. favoriser toutes formes d’échanges entre les équipes sur le thème traité : mise en commun de concepts et d’outils, co-encadrements d’étudiants, organisation de réunions, d’ateliers, participations à des conférences nationales et internationales…

Axes de travail

Axe 1. Délimitation du champ scientifique et concepts retenus

Afin que le nombre et la gamme sémantique des concepts à définir restent dans des limites raisonnables dans le cadre de ce GDR, le champ couvert se restreint délibérément à la composante de la biodiversité concernant les sciences de la nature. L’organisation du travail sémantique sur les différentes dimensions de la diversité se fonde en partie sur le cadre hiérarchique des « variables essentielles de la biodiversité » proposée dans le contexte de GEO BON.

Axe 2. Développement de standards sémantiques : thesaurus et ontologie de la biodiversité

 Si les ontologies biologiques sont largement utilisées dans le domaine biomédical, ainsi que dans les champs de recherche portant sur les organismes modèles, les standards et ontologies existants n’ont pas été conçus pour décrire et intégrer des données couvrant l’ensemble du champ des sciences de la biodiversité. Ce constat souligne le besoin urgent d’améliorer les approches visant à décrire les différentes façons dont les spécialistes de la biodiversité collectent et assemblent les données, de même que la sémantique de ces données. Des standards et ontologies pérennes sont centraux pour répondre à ces besoins, et aideront les différents acteurs concernés à utiliser les données hétérogènes d’une manière fiable et harmonisée. L’objectif de cet axe est de contribuer à jeter les bases de ces standards.

 

Axe 3. Standards terminologiques disponibles

 En préalable à l’élaboration de référentiels terminologiques dans le champ des sciences de la biodiversité, il importe de recenser les principaux vocabulaires contrôlés et ontologies existants et reconnus dans l’écologie et les sciences de l’environnement et de déterminer la manière dont ils s’inscrivent en interconnexion au sein du web sémantique. Le principal objectif de cet axe est de finaliser l’inventaire comparatif de ces standards et référentiels relatifs à ces domaines initié par l’INIST-CNRS, et de l’utiliser comme base au travail développé dans l’axe 2.

Axe 4. Visualisation, interrogation, mise en correspondance avec les bases de données

Les buts visés par cet axe sont (a) d’apporter les connaissances techniques pour permettre la construction et la visualisation des ressources terminologiques proposées dans les axes 2 et 3, et (b) de faire se rapprocher le monde des bases de données et celui des ressources terminologiques afin de faciliter la conception des bases de données et leur intégration dans des environnements ouverts tel que le web sémantique.